cygwinで速いと言うことはWindowsの問題じゃなくて、単にクライアントの問題じゃないのでしょうか?
もしよろしかったら、これを試してみてはいかがでしょうか?
http://core.ring.gr.jp/archives/net/ssh/SSHSecureShellClient-3.2.9.exe