> X11 関係のパスがこれでいいかはよく知らん。

x11-links を指定するぐらいなら -R/usr/X11R6/lib -L/usr/X11R6/lib の
方がいいと思うなあ。
実際、x11-links を使って作られたコマンドを ldd してみても、
参照されているのは /usr/pkg/share/x11-links/lib じゃなくて
/usr/X11R6/lib の方でしょ？

あと、pkgsrc を使わずになにもかも自分で作るなら、
/usr/pkg 関係の指定もまったくいらない…

うちで /usr/local に入れてあるツールは全てそうやって作ってて、
/usr/pkg に依存しないようにしてるなあ。