おいらは~/researchとか~/document/hogeとかいうかんじで
大まかに分野ごとにディレクトリを作ってるけど、
その中に作るファイルやディレクトリのほとんどは
YYYYMMDD_filename.ext
という形式にしてあるかな。
勝手に時系列に並んでくれるのが便利。