>>501
>一部のCGIがエラーになるので調べてみたところ、今までwwwユーザで
>動作していたのですがバージョンアップ後はrootで動作していました。

↑がよく分からない。Apacheｔってrootで動かなかった気がするんだけど(suEexcも)、
Apacheのビルドオプションとか実際のエラーメッセージとかどうなんだろ？
5.8.8のするときにパール・モジュールは引き継いだのかな？
/usr/ports/UPDATINGも参照してみてはいかが？