単に依存関係がある程度ならportsが勝手にやってくれるんですが、
Aがインストールした設定ファイルをBが上書きしている場合に、
Aをアップグレードしてしまうとその設定ファイルがリセットされてしまいます。
ghostscript-gnu-commfont と ja-ghostscript-gnu-jpnfont は、
CIDFnmapというファイルに関してそういう関係にあるので、
先日前者をアップグレードしたときにそれではまったのです。
たぶん、firefox と ja-firefox-ja も同じような関係にあるんじゃないでしょうか。

バージョン番号と依存関係だけからはBをインストールしなおす必要が
ツール群にはわからないので、そういう設定ができるようなしくみが
どこかにあるのではないかと思ったわけです。