俺がWindowsでJPパッチあてた時(Windows版patchコマンド)はdiffファイルをsjisに変換しないとパッチあての時点で駄目だったよ
diffファイルだけsjisに変換してパッチあててそのままBCCでコンパイルできた
それと、質問するならエラーメッセージも書いてちょ