バイトコンパイルしてないってオチだったりして。
それからelispのパフォーマンスはEmacs自体のコンパイル時の最適化オプションで結構変わる。
きつめに最適化した方がEmacs自体のコンパイルには時間がかかるが、make bootstrap全体ではむしろ速かったりする。