CPUクロックは無罪っぽいね。

wd0 は UDMA mode 4 で動いてるってこと？
まあ mode が 2 でも UDMA になっていれば、sudo の make 程度なら
問題にならないと思うし。

解せない結果だなあ。何が起きているんだろう？

/sbin/atactl wd1 smart status
すると、reliability が negative になってるとか、あるいは
value が thresh に非常に近い値になっているとか、そういうことは
ないよね？