要は、古いportsツリーから、portsをインストールして、
後から、それが古かったってことで、portsツリーを最新に同期して、
portupgradeでアップグレードしなおしたって事でしょ？

で、その結果、GNOMEが起動しなくなった。GNOMEをportupgradeを使って、
更新しちゃ駄目よって事は、/usr/ports/UPDATINGに書いてあるから、
てっきり、その問題を確認して報告してくれただけかと思った。
悩んでたのなら、意地が悪かったかも知れない。すまん。

思うに、今からだと、GNOME関連のportsを削除した後、ビルドしなおした方が
確実なんじゃない？