6.0を再インストールしてX関係のソフト（gnome、scim-anthy、firefox、etc･･･）をportsからインストールしました。
その後、portsツリーのアップグレードをするのを忘れていたのに気がつき
アップグレードした後
portupgrade　-aを実行しました。するとgnomeが起動しなくなりました。

/var/log/Xorg.0.logは
(**) Keyboard0: CustomKeycodes disabled
(II) XINPUT: Adding extended input device "Keyboard0" (type: KEYBOARD)
(II) XINPUT: Adding extended input device "Mouse0" (type: MOUSE)
(II) Mouse0: SetupAuto: hw.iftype is 4, hw.model is 0
(II) Mouse0: SetupAuto: protocol is SysMouse
FreeFontPath: FPE "/usr/X11R6/lib/X11/fonts/misc/" refcount is 2, should be 1; fixing.
となっていました。

.xinitrcを.xinitrc-aaaとしてみるとXは起動するのでgnomeが原因だと思います。