とりあえずfdiskでWindows2000のパーティション残ってるか確認することだな
fdiskって拡張パーティションの中身見れたっけ？

まぁ先にW2Kが入ってたんならプライマリ１だと思うので、
インストールで間違って消したんじゃないかと思うけど