なんか /usr/ports/japanese/samba3/ って調子悪くないですか?
何か解決方法があれば、教えてください。

今入れているバージョンは、ja-samba-3.0.21a,1で、
FreeBSD は、6.0-stableです。

この環境でWindowsからFreeBSD側のファイルアクセスすると

Windows上で

"フォルダ名" にアクセスできません。
指定されたネットワーク名は利用できません。

というダイアログが良く出ます。
一度出ると、それ以降ファイル共有ができなくなります。

FreeBSD側のlogは次のようになっていて smbdが異常終了しているみたいです。

Feb 7 17:23:26 xxxxx kernel: pid 805 (smbd), uid 200: exited on signal 6