example.jp -> /home/hoge/public_html
sub.example.jp -> /home/hoge/public_html/sub
とバーチャルホストを設定してます。

sub.example.jp へのアクセスがあったら example.jp へ転送させたいので、
（CNAMEとか使うのはいやでごわす）
Redirect permanent / http://example.jp
とカキコした.htaccessを /home/hoge/public_html/sub内にＵＰしました。
当初の目的は達成したものの、
http://example.jp/sub/
でアクセスできなくなりました。

解決方法きぼんぬ