emacs って XIM で入力できたっけ？
emacs 専用の変換メソッド使った方がいいかもしれないよ。
おれは skk 使ってるけど、
変換サーバとやり取りする奴とかいろいろある。
ひょっとすると MS-IME とやり取りする奴もあるかもしれない。