>>405
多分、デスクトップかプログラムメニューから起動してると思うんだけど、
その起動するときにクリックするアイコンを右クリックして
プロパティを選ぶと作業フォルダがある。
もし、(windowsで)環境変数HOMEを設定しているなら作業フォルダを
%HOME%
にする。してないならホームディレクトリを作業フォルダにする。
(e.g. c:\cygwin\home\405)
ここでのフォルダ名はwindows上のフォルダ名にすることが大事。

/etc/bash_profileに
cdって書き込むのは俺はあんま好きじゃないんだけど、
書くのは普通なのかい？