1.15.19の話。チラ裏だけど書かせてください。

cygwin MLの「problen with run command and the environment」
ttp://cygwin.com/ml/cygwin/2006-01/msg00866.html

これ「CreateProcess()する前に、自分でWindowsの環境変数を設定しる！」
って事で 以上終了したっぽい？
Windowsの環境変数は PATH, SYSTEMDRIVE, SYSTEMROOT, WINDIRしか残ってなくて、
この状態でパッチにあるように Windows側に無い環境変数を cygwinから持ってくると、
HOME, TMP, TEMP, TMPDIRが cygwin posix pathのままになる。

1. CreateProcess()でcygwinアプリを実行した場合は、cygwin pathのままで問題なし。
2. CreateProcess()でWindowsアプリを実行した場合、無効なパスとなって使えない。

と思うんだよね。
cygwinを経由せずに直接 Win32API呼び出す方が悪いのは判るけどねぇ。
Windowsとの親和性が高いのが cygwinの長所なのに。