半分だけ自己解決しました。nethack-3.4.3/win/win32/nethack.dswじゃなくて
nethack-3.4.3ディレクトリ内に生成されるnethack.dswを開くべきでした。
こちらだと正常にVC7形式に変換できるしコンパイルもできるみたいです。

でも、jnethack-3.4.3-0.7.diffをcygwinのpatchコマンドでパッチを当てた後に
nethack-3.4.3/nethack.dswを読み込むと
｢プロジェクトファイルが破損しているためプロジェクトを読み込めません｣
とエラーメッセージが出ます。
なんだかよく分からなくなってきた･･･

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その方法ではVC7形式への変換はできました。ありがとうございます。