>この現象なぜ起こるかわかりますか？

ttp://www.kobitosan.net/postfix/trans-2.0/jhtml/faq.html#duplicate
ttp://www.kobitosan.net/postfix/origdocs/kylesfaq.html#aldbl

>また改善方法ってあるでしょうか？

aliases の展開先を \ml@example.com, hoge2@example.com と設定。

……あれ、aliases(5) には \ の意味が書いてないんだな。なんでだろ。