PC-BSDで kernel の設定を変更して再コンパイルした場合、何か不具合はでますか?
特にPC-BSDの自動アップデート機能が使えるかどうか気になっています。

具体的には有限要素法の計算をするのに、デフォルトの datasize や stacksize じゃ
足りないので、FreeBSDでは、kernel の設定で次のようなオプションを
つけて再コンパイルしています。
同じことをPC-BSDでもやりたいと思っています。

options MAXDSIZ="(1200*1024*1024)"
options MAXSSIZ="(384*1024*1024)"