おいらは専門家じゃないし、ちらっと何かで読んだ程度だから間違っているかもしれない。
最近のHDは非常に高性能化している。
で、ヘッドの移動には磁気?かなんかでディスクにマーキングしたものを利用しているんだと。
だから、物理フォーマットすると逆にHDの性能が落ちるんだと。