IMAP接続中にPOP before SMTPでメール送信すると
inboxのメールが消えます。

設定のせいかも。何を晒したらいいでしょう？

ちなみに最新stableです。

IMAP over SSHとSMTP over SSHとPOP over SSH
してるのとか関係あります？？

厨な聞き方でごめんなさい。