たとえば、メールハブになってるホストには直接バーチャルドメインのユーザのアクセスは
許さず、バーチャルドメインごとの専用サーバから、ドメイン単位で全ユーザ分、
バッチで取得し、ユーザからのアクセスはそっちのホストに対してやってもらう、
とかならPOPやIMAPは使わず、ファイル転送の仕組み使うだろ。
(でも普通はSMTP使うような気もするが)

ということで、理由が考えつかないほど特殊ではないと思うぞ