http://pcweb.mycom.co.jp/special/2002/cygwin/
を見ながら、Cygwinをインストールしたのですが、
lsコマンドを使用しても、"Command not found"と表示され、
ファイル一覧を表示することができません。
.bashrcを作成し、環境変数も通しました。
環境か何かが違うのでしょうか？

Cygwinを起動すると、 bash-2.05$ と表示され、
helpコマンドでは、

GNU bash, version 2.05b.0(1)-release (i686-pc-cygwin)
These shell commands are defined internally. Type `help' to see this list.
Type `help name' to find out more about the function `name'.
Use `info bash' to find out more about the shell in general.
Use `man -k' or `info' to find out more about commands not in this list.

A star (*) next to a name means that the command is disabled.

と表示されます。