初っ端から引っかかりました。
FreeBSDのほうで聞いたほうがいいのかもしれませんが。
FreeBSD 6.0 で、smbfnconv の使い方(インストールも)がわかりません。

convmv というのがありますが

2.2 coding system= EUC → 3.0 unix charset = eucjp-ms
しようと思うのだが convmv では、用途が違うように感じる。

samba データが、○百ギガ もあるので、とりあえずやってみるのも怖い。

こんなこと今頃悩んでいるのは、僕くらいだと思われます。
先人の方々、よろしくアドバイスをください。