説明不足で、ごめんなさい。
真相は>>701, >>705さんのおっしゃる通りです。

昔 bash で
/bar$ ln -s /home/foo ~foo
として /bar/~foo を作ったのですが、もう使う必要がなくなったので今日 zsh で
/bar% rm -r ~foo
としたら、ユーザ foo のホームディレクトリ /home/foo 自体が消えてしまった
ということです。

bash では
alias rm="rm -i"
としていたので、rm のエラーに対していつもの勢いで -r の試行をしてしまいました。

>>713
私が悪いので、皆さん正解です。