シンボリックリンクに対して rm -r しても、
そのシンボリックリンクが消えるだけ(先までたどらない)からだろ。
多分、rmでエラーが出たから rm -r にしただけだろ。
まさか、~foo が実体ディレクトリを指してるとは頭から思ってないから、
シンボリックリンクを消す意味で気軽に rm -r したと。