flacってportsにするに面倒そうなアプリケーションだな。
それなりの大きさだし。
いちおうテキトーにコンパイルできるようにしてみた

(1)audio/flacをflac112とでも名前を変えてコピー
(2)
PORTVERSION= 1.1.2
PORTREVISION= 0

に変更して make makesum
(3) files/の下は面倒なんで全部消す
USE_INC_LIBTOOL_VER= 13 は消す
以下を追加
USE_GMAKE= yes
USE_AUTOCONF_VER= 259
USE_LIBTOOL_VER= 15

でいちおうコンパイルはできる。ちゃんと動くかどうかはシラネ