ports は設定ファイルを plist に載せないことになってる。
http://www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/porters-handbook/dads-config.html
もし、これが守られてなかったとしても pkg_delete はデフォルトでは plist
に記載されてるのと MD5 が一致しないファイルを削除しない。

消えたんじゃなくて消したんだろ。