CPUファンの話が出ているのだけど
ノートPCだとそういう問題でませんよね?
デスクトップPCのだとFreeBSD上では常に全力でファンが
回っているのですか？

うちのThinkPad X31 だと特に何も設定していなくても
負荷をかければ勝手に冷却ファンが回り出すので
そういったことを考えたことはありません。

FreeBSD 4.x のころから使っているから ACPI は関係ないので
ハードウェアで勝手に制御されているようです。