tcpmssd.cのソース見てわかった。
正直すまんかった。

tcpmssfixの動作原理はsyn packetのヘッダにあるTCP max segmentフィールドを
書き換え、今後の通信の最大値を教えるということなのね。
mpdの実装もそれを心得ていて、フックされるのはsynだけだからTCPで接続を
張りまくるようなことをしない限りはあまりuserlandとkernelの間を行ったりきたりする
こともなく、性能劣化には結びつかないだろうと。 (ngfunc.c:NgFuncConfigBPF)

しかし、依然として複数のコネクションを張るブラウザがあることや
P2P系のソフトを考えるとsynパケットの処理の速さが
性能の違いに結びつくことは有り得ると思う。