WARNING: /usr was not properly dismounted

というメッセージが出ました。
これはそもそもXがフリーズして電源のリセットを押して再起動をかけたせいですが、
その後、何度か普通にshutdown -r now
しても起動時の上記の表記が相変わらず表示されます。
検索してもその原因については書いてあっても、対処法については書いてありません。
何度か普通に終了させても駄目な場合、どのようにすれば上記の表記が表示されなく
なるでしょうか？