Emacsビルドできた。
でも、後ろ向きな解決方法ですけど。
libc.so.6のmallocが悪さしているみたいです。
手順
misc/compat5xをインストールする。
/etc/libmap.confに以下の内容を追加。
[emacs]
libc.so.6 libc.so.5
configure後、src/config.hでHAVE_POSIX_MEMALIGNが定義されていたら定義しないようにする。
で、いけるんじゃあないかと思う。