みなさんレスどうもありがとうございます。

>>640さん
C-x v l は、vc(version control) というパッケージですよね。
.emacs に

(modify-coding-system-alist 'process "vc"
'(undecided . shift_jis-unix))

を追加してみましたが、変わりませんでした。

>>641 さん

C-x v l して、639 みたいになったバッファに C-x o に移動して、

M-x set-buffer-file-coding-system とかして shift-jis-unix しても、変わりませんでした...