face2html ってのは知らないけど、
jit-lock-mode を使ってると、必要な部分（表示されている部分）しか
まともに色付けされないと思う。

もしそうなら他のモードを使ってみるとか、
強制的に全体を fontify してから face2html とやらを使ってみるとか。