皆さんどうも。printf %03d x が便利と分かりました。
sed の中で使えないか試したのですがダメでした。
結局、0 を自動で補わせるのは無理とあきらめました。
0 が１個足りないファイルと２個足りないファイルを別々に ls で出力し、
それぞれを 0 の数決め打ちで加工して２つのスクリプトを作りました。