レンタルサーバでFreeBSDを使っているのですが、

/var/build/ports 配下に、
javaなど、一度インストールしようとしたものの、やめたファイル
（だと思うのですが、「x11-toolkits」という知らないものも入ってる）
群があります。

これらをもし使わないなら、
rm -rf /var/build/ports/java のように消してしまってかまわないでしょうか？