>>250
私は、クリアフォルダに挟んで、ボックスファイルに入れてます。
論文には「#0001」などのナンバーを書いて、クリアフォルダには
タックシール（Nichiban: ML-7）を貼って、同様のナンバーを振ります。
で、これを EndNote で管理。
とりあえず Abstract だけは和文に翻訳して、テキストファイル
で保存し、EndNote からこのファイルにリンクをはっています。
（英和用意することで、全文検索でひっかかりやすくしてます）
PDFファイルがある場合は同様に EndNote からリンクをはっている。
著者名やテーマごとのファイリングをすると必ず破綻するので、
通し番号で管理するのがポイントだと思います。
この方法の弱点は、紙媒体のファイルを扱うので、保存場所が増加する
ことと、使わなくなった資料の廃棄を考えていないことですね。

最近は、物理的な媒体を使わない方法が本流だと思うけど、私は未だに
PDFファイルも印刷しなければ、ちゃんと読んだ気がしない・・・。
で、結局上記のような運用してます。
ちなみに、研究職なのでファイリングの場所は優遇されている方だと思う。