適当なプログラムを作ってa.outを生成します。
んで、objcopy -O binary a.out a.out2とします。
このときa.out2って実行できないんですけどどうしてですか？
バイナリをバイナリにしてるだけではないのでしょうか？バイナリにもいろいろあるんですか？