パッケージングシステムごとに違いがあるのは
ある程度しかたないんじゃないかな。

RPM でいやだったのが
パッケージがあるファイルに依存するときに
そのファイルがどのパッケージに存在するか
さがすのに苦労すること。
最近は apt とかがあるからそういう苦労もなくなったけど。