「CVSupでmake clean」ってのは全くわけが判らないんだが、ひょっとして
cd /usr/src && make clean
もしくは
cd /usr/ports && make clean
ってこと？

そんなことしたら、そりゃあものすごぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉぉく
時間がかかるだろうな。