>>281で質問をした者ですが、自己解決しました。

FreeBSD 5.2-RELEASEでSCSIディスクの認識順を
変えるのはごく簡単で、カーネルの再構築も不要でした。
/boot/device.hints をごにょごにょいじればいいだけです。

たとえば1枚目の Adaptec SCSI Card (ahc) の
Target 1, LUN 2 を da0 にしたければ、

hint.scbus.0.at="ahc0"
hint.da.0.at="scbus0"
hint.da.0.target="1"
hint.da.0.lun="2"

と /boot/device.hints の末尾に追記して再起動。
これでOK。簡単すぎて驚きです。

ご回答いただいた>>287さん、ありがとうございました。

[参考文献]
http://www.freebsd.org/doc/ja_JP.eucJP/books/handbook/device-hints.html
http://www.jp.freebsd.org/cgi/mroff.cgi?subdir=man&lc=1&man=device.hints&dir=jpman-5.2.0%2Fman§=0
http://www.google.com/search?q=%22hint.da.0.at%22