# XFree86 -configure
をちゃんとやったのか、カレントディレクトリにXF86Config.newが出来ているのかを確認。
>(EE) Unable to locate/open config file:"/root/XFConfig.new"
本当に「# XFree86 -xf86config XF86Config.new」とやったのか、
# XFree86 -xf86config XFConfig.new
とやったのではないのか?