数百あるファイルを cvs import すると半数近いファイルが

cvs server: ERROR: cannot read file xxxxx.html: Permission denied

と言われました。ls -l でファイルのパーミッションを見ると
いつの間にか 000 になっていました。

昨日までは全ファイル 644 で問題なく cvs import できていました。

cygwin をインストールしてから chmod を使ったことがないのですが
原因お分かりになるでしょうか？