http://matsu-www.is.titech.ac.jp/~sohda/cygwin/treebbs/treebbs.cgi?log=2043
この症状と自分のはそっくりです。
この通りに治しても自分のはだめでした。
-multiwindowに問題があるみたいなのでいろいろやってそれを探ろうと思います。
Xがうまく起動できない人が結構いるみたいなのでちょっと安心。

みなさんいろいろとありがとう。