>>325
> どんなコマンドがどれに入っている（入れる）のか、
> なにかルールみたいなものがあるのでしょうか？
Linux だと FHS ってのがある。(UNIX や BSD のことは知りません。)
ttp://www.google.co.jp/search?q=Filesystem+Hierarchy+Standard&ie=UTF-8&oe=UTF-8&hl=ja&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2&lr=lang_ja

> 自分で書くときに困ってしまいます。
自分で書くときには、実際にどこにあるかを調べてそれを書く。
perl が /usr/bin/perl にあれば #!/usr/bin/perl と書く。