Windowsが//でネットワークにアクセスするのはWindowsの仕様なんだから、
cygwinに文句を言うのは筋違いだろ。

仮に、設定変更できるようにするにしても、Windowsの側で変更できるように
すべきでなのであって、cygwinの側で変更できるようにすべきではない。

おかしいのは//なんて書いてあるMakefileを作るアプリケーションの方なん
だから、原理原則を曲げて不自然なhackを加えるのは間違い。こういうhackを
加えようとするから、訳のわからない「仕様」が増えるんだよ。