Linuxのパッケージ管理方法が色々あることって(このスレに書き込む人の間では)
あまり認識されていない気がする．

Apt(or Yum)+(rpm/deb)って大抵の管理作業においては非常に楽で非常に便利．
きちんとわかった上で使うならcronに任せていてもほとんど問題ない．
だけど，ソースコードをいじる場合には(個人的には)tarボールのほうが楽．

同じaptでもLinuxのディストリビューションによって出来は違う．
これはrpmやdebにおけるパッケージの依存関係の記述が開発者任せだから．
DebianとVineを比較してみればよくわかると思う．