パッと思い付くのは
(setq navi2ch-article-filter-list
'((lambda () (replace-string "http://203.192.159.253/" "http://kanto.machi.to/"))))
などとして、記事にフィルタをかけるとか。

後半に関しては、自分も面倒だと思うことがあるけど、どのみち引っ掛かっている
フィルタ条件を調整する必要があるだろうし。以前、この辺りの挙動を変える
オプションがあったような。統合されたときになくなったのかな。

単に hide されたレスを見たいだけのときは、F で一時的に filter を切ってから
行き来することがあるけどね。