レス有り難うございます。
>>881
他のエディタで起きなくなれば良いのですが、標準viでそういった不具合があるという話を聞いた事がないので、原因が特定できない事が気になります。
とりあえずvimを入れて様子を見てます。
>>883
PC側はTeraTermProを使用し、漢字コードもサーバ側をEUC、表示側をs-jisとしてます。
ファイルの内容は全て半角英数字のみで文字化けとは違いました。
同じ作業を同じ環境で繰り返しても必ずなるわけではなく、不明なタイミングで稀に起きます。
fileコマンドで種類を確認すると、ファイルが壊れる前はテキストファイルなのに、
壊れてしまったファイルはデータと判別されてファイルの状態そのものが変化している様子です。
catでもviでも中身は変わらず丁度、バイナリファイルを表示させたような状態です。