UserDir以下ではちゃんと動くCGIがここにある。
/home/user/public_html/index.cgi
にあって、
http://server/~user/index.cgi
ではちゃんと動くとしよう。

ここで、
<VirtualHost *>
  SuexecUserGroup user user
  ServerName user
  DocumentRoot /home/user/public_html/
  <Location />
    AllowOverride All
    Options ExecCGI
  </Location>
</VirtualHost>
と書いて
http://user/index.cgi
とアクセスすると error.log に
Premature end of script headers: index.cgi
と記録される。もちろんこの状態で
http://server/~user/index.cgi
はちゃんと動く。

なにが原因なんだろう。